O meu meio de transporte preferido pra viajens curtas ou one day trip é de trem ( normal ou trem-bala). É rapido, eficiente e vai para todos os cantos do Japão, alem de chegar no destino sem o stress do transito.

Mas na hora de planejar uma viagem, como pesquisar horarios, conecções, preços?
1. pode usar o velho Timetable impresso que é vendo em todas as estações, mas se voce não sabe ler japones… bom ai não vai adiantar muito, ate onde eu sei só existe a versão em japones, existe uma versão simplificada em ingles, alem de ser incompleto é bastante confuso tambem.

ou

pode usar a internet.
Eu particularmente uso o Google Transit e o Jorudan.

Inserindo no Google Transit(é um front end pro google maps) a cidade de origem e destino ele mostra o caminho do trem e as varias alternativas.
O Jorudan é um serviço similar ( em ingles ) que te indica o trem, horarios disponiveis alem de fornecer a opção mais rapida ou o mais economico.

Pra quem não tem dificuldade no japones existe o EkiNet que alem de forncer a rota pode comprar o ticket via web.